১৯৮৮ সালে মানুষের মাঝে কুরআন ও হাদীসের বাণী প্রচার করার লক্ষ্যে বান্দরবানের নাইক্ষ্যংছড়ির প্রাণ কেন্দ্রে রেস্টহাউজের পাশে আল্ মারকাজুল ইসলামী দারুচ্ছুন্নাহ ও এতিমখানা প্রতিষ্ঠিত হয়। তখন থেকে এতিম লালন পালনে ও ভরনপোষণে এবং শিক্ষা ও ইসলামী তাহযিব-তামাদ্দুন প্রচারার্থে দেশে ও দেশের বাইরে সুনামের স্বাক্ষর রেখে চলেছে এ মাদ্রাসা।
তারই ধারাবাহিকতায় মা-বোনকে দ্বীনি শিক্ষায় শিক্ষিত করার এবং আদর্শবান মা গঠনের লক্ষ্যে ২০১২ সালে দারুচ্ছুন্নাহ মহিলা ও এতিমখানা প্রতিষ্ঠা করা হয়। বান্দরবান পার্বত্য জেলার একমাত্র মহিলা মাদ্রাসা হিসাবে ১ম শ্রেণি থেকে ১০ম শ্রেণি পর্যন্ত পাঠদান চলছে। প্রত্যেক পাবলিক পরীক্ষায় ১০০ ভাগ পাশের হার নিয়ে মাদ্রাসা এ সুনাম অক্ষুণ্ণ রেখে চলেছে।
০৫ আগস্ট ২০২২ তারিখ মা-বোনদের পবিত্র কুরআন শরীফ মুখস্থ বা হেফজ করা এবং হেফাজত করার সুযোগ সৃষ্টির উদ্দেশ্যে "বালিকা হেফজ বিভাগ ও এতিমখানা"- মহিলা মাদ্রাসায় সংযুক্ত করার লক্ষ্যে ২তলা বিশিষ্ট একটি ভবন ভিত্তি-প্রস্তর স্থাপন করা হয়েছে,যা সম্পূর্ণ মাদ্রাসার অর্থায়নে। সেজন্য দেশের বা বাইরের যেকোন হৃদয়বান ব্যক্তি এই মহৎ উদ্যোগকে সহযোগিতা করে পাশে থাকতে পারবেন বলে জানান মাদ্রাসার পরিচালক হাফেজ মৌলানা মো.জালাল উদ্দিন ফারুকী।
